1. 得到[STEALTH光學迷彩]:救出艾里希博士破關。
2. 得到[BANDANA無限頭巾]:救出梅鈴破關。
3. 得到[CAMERA照相機]:破關前取得[CAMERA照相機]破關。
4. 破關後在OPTION中多了一項介紹特攻神諜2劇情的選項。
5. 破關後在SPECIAL中多了一項可改變遊戲畫面中有無右上角雷達，可調ON或OFF。
6. 若第一輪救出梅鈴破關而第二輪救出博士破關，第三輪遇見的生化忍者身上的強化骨骼顏色會變成紅色。
7. 完成上述第6項，第三輪破關時，破關畫面中會多出新的歌曲(節奏DJ中METAL GEAR SOLID這首好聽的歌曲)。
8. 獲得評價FOX:被發現數4次以下、殺敵數25個以下、兵糧使用1個以下、3小時內破關、接關總數0次。
9. 獲得最高評價BIG BOSS:在不使用雷達的狀況下完成上述第8項破關。

1. 若與梅鈴一起行動時攻擊她，她會賞予掌摑。
2. 按三角形鈕以主觀視點凝視她，梅鈴會臉紅。
3. 在梅鈴進廁所的5秒內尾隨進入，可看到梅鈴正在換衣服。
4. 在獨房那裡時爬樓梯進通風口窺視梅鈴可看她在做仰臥起坐，若出來再進入並反覆此動作可看到不同的姿勢。
5. 在梅鈴被螳螂洗腦時，按△可轉換成她的主觀視點
6. 當梅鈴帶領通過地雷區時，若怕踩到地雷可用[THERM.G紅外線熱感應裝置]趴著通過順便回收地雷。

裝備相機可在遊戲中拍到42張靈異照片，皆是特攻神諜工作人員的照片，請見下表：

[基本模式]破關後出現了[競時模式]破關後會出現[射擊模式]破關後再出現[連勝模式]破關後出現[技術示範模式]尤其是[技術示範模式]其高超的技術示範真是錯過可惜。

1. 在接受豹貓的拷問時只要忍耐5次，等生化忍者來搭救，逃出牢房後所有武器彈藥全滿。
2. 通過狼犬洞窟遇見梅鈴後，先打她一拳再馬上裝備偽裝箱，此時小狼犬會在箱子撒尿，以後可裝備這箱子安全通過狼犬區。
3. 若預測敵人的動向可將[C4爆彈]黏在士兵身上。
4. 若在卡車上裝備偽裝箱，過幾秒後會被卡車載到偽裝箱上標明的地點。
5. 以前曾拿過的消耗道具，只要切換畫面3次以上道具又會再度出現。
6. 在遊戲中盤若撥[141.52]呼叫軍事戰略專家，她會解說如何使用目前裝備的道具。

1. 溶礦爐的起重機非常礙事，所以可用兩發[SINGER地對空導向火箭筒]或兩發[NIKITA無線誘導式火箭筒]轟掉。
2. 若是連續3次呼叫美鈴並且不存檔，她會生氣大罵，第4次她的表情會因生氣而表情及態度有所變化。
3. 在對抗生化忍者時，若敲打博士躲藏的鎖櫃，可聽到博士的驚叫聲。
4. 若一連殺死兩隻烏鴉，坎貝爾大佐會打無線電來碎碎念。
5. 從遊戲開始進行到司令室若被敵人發現超過10次以上，[PAL KEY]會被老鼠吞進肚子裡，此時就要用[CLAYMORE對人導向性地雷]將之解決。
6. 進入熔礦爐換DISC 2後，再回雪原會有一隻殺不死的狼犬，在洞窟中遇見梅鈴的地方也有一隻，可用來練習[PSG1狙擊用步槍]的熟練度。
7. 在打生化忍者時，等他躲在角落時除了可用[THERM.G紅外線熱感應裝置]找到他外，也可用[CHAFF.G電子干擾手榴彈]讓他痛苦萬分現出原形。
8. 在醫療室被囚禁時，當逃出牢房後不要將士兵打倒，讓他追到拷問房，他會突然肚子痛跑去廁所，若敲打廁所的門，士兵會傳出驚叫。
9. 在對抗生化忍者時，若一直使用[CHAFF.G電子干擾手榴彈](只要數量足夠)可讓他痛苦萬分而乖乖的被挨打。